Πρόκειται για μια τρίκλιτη παλαιοχριστιανική βασιλική που εξυπηρετούσε τις θρησκευτικές ανάγκες των Λαρισαίων καθ’ όλη τη διάρκεια των βυζαντινών χρόνων μέχρι τον 16ο αιώνα και η οποία αποκαλύφθηκε το 1978 από τις ανασκαφικές έρευνες της Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων.
Στα μέσα του 16ου αιώνα καταστράφηκε ολοσχερώς ο Ναός του Αγίου Αχιλλίου από τους Τούρκους ακολουθώντας την τύχη όλης της πόλης της Λάρισας και γι’ αυτό οι Μητροπολίτες Λαρίσης μετέφεραν την έδρα της Μητροπόλεώς τους στα Τρίκαλα ως το 1739.
Τους αποδόθηκε πάλι ο ναός για τη Θεία Λατρεία επί αρχιερατείας Μητροπολίτου Λαρίσης Μελετίου Ε΄(1825-1836) μέχρι τον Απρίλιο του 1827 που οι Τούρκοι τον μετέτρεψαν πάλι σε οπλοστάσιο για πολύ λίγο αυτή τη φορά (μέχρι τον Ιούνιο του ίδιου έτους) αφού με δωροδοκία κατάφεραν οι χριστιανοί να τον πάρουν πίσω για τις λατρευτικές και θρησκευτικές τους ανάγκες.
Βέβαια, ο ναός αυτός στα 1000 περίπου αυτά χρόνια δεν ξέρουμε αν έμεινε αναλλοίωτος ή υπέστη ανακαινίσεις, μεταβολές και προσθήκες.
Οι χριστιανοί κάτοικοι της πόλης, όπως μας πληροφορεί ο Λαρισαίος Δάσκαλος του Γένους Κων/νος Κούμας, για 26 χρόνια αναγκάζονταν να πηγαίνουν για εκκλησιασμό στα γύρω χωριά.
Δηλαδή για 26 ολόκληρα χρόνια δεν έγινε ούτε μία Θεία Λειτουργία στη Λάρισα!
Αξίζει να σημειώσουμε ότι την εποχή εκείνη στη Λάρισα υπήρχε μόνο αυτός ο ναός, ενώ οι Τούρκοι είχαν 22 τζαμιά!
Η παράγκα μετά το 1945 αναμορφώθηκε και πήρε μορφή τρίκλιτης Βασιλικής που εξυπηρέτησε προσωρινά τις λατρευτικές ανάγκες των ενοριτών του Αγίου Αχιλλίου , μέχρι την ανέγερση του σημερινού περίλαμπρου Μητροπολιτικού ναού, που είναι καύχημα και στόλισμα της Λάρισας, χαρακτηριστικό της γνώρισμα και έκφραση της ιδιαίτερης τιμής των κατοίκων της προς τον Πολιούχο και Προστάτη τους Άγιο Αχίλλιο.
Εκεί βρισκόταν και ο τάφος με το σκήνωμα του Αγίου Αχιλλίου και ήταν σημείο πνευματικής αναφοράς, κέντρο λατρείας και τόπος αγιάσματος.
Από την οσιακή κοίμηση του Αγίου Αχιλλίου τον 4ο αιώνα, οι Λαρισαίοι πάντοτε είχαν την αναφορά τους στο Ναό του Αγίου τους στο λόφο του Φρουρίου.
Όπως σημειώνει ο γιατρός Νικόλαος Παπαθεοδώρου «Ο πολιούχος της πόλης οδήγησε τους ενορίτες και το εκκλησιαστικό συμβούλιο, εν αγνοία τους ,να στήσουν μια πρόχειρη ξύλινη παράγκα για να εκτελούν τα θρησκευτικά τους καθήκοντα, στο σημείο όπου βρέθηκαν το 1978 τα ερείπια του πρώτου βυζαντινού ναού του Αγίου Αχιλλίου του 6ου αιώνα».
Ο ναός αυτός, που η πρόσόψη του έμοιαζε με τη Μητρόπολη Αθηνών και το Ναό της Παναγίας του Αμπελώνα, καταστράφηκε από τον τρομακτικό σεισμό της 1ης Μαρτίου 1941 και τους βομβαρδισμούς των Γερμανών.